magattacaのブログ

日付以外誤報

静電ポテンシャルからタンパク質-リガンド複合体を眺めよう 〜パート②:Tyk2阻害剤への適用

ESP-DNNでTyk2阻害剤の静電ポテンシャルを計算して親和性の差を議論します。

静電ポテンシャルからタンパク質-リガンド複合体を眺めよう 〜パート①:ESP-DNNの使い方〜

静電ポテンシャルを計算するツール ESP-DNNをGoogle Colabで実行して基本的な使い方を試します。

RDKitで3次元構造に水素原子を付加するときの設定(addCoords)

3次元構造に水素原子をつけようとしてがっかりしたときの解決方法

OpenMMをステップバイステップで 〜Part 10 全体のまとめと感想、あと失敗例〜

OpenMMでMDシミュレーションを試すシリーズのまとめ記事です。各記事へのリンクを貼っています。 備忘録としてParmEdにもふれています。

OpenMMをステップバイステップで 〜 Part 9 低分子-タンパク複合体のトラジェクトリ解析 〜

タンパク質-低分子複合体のMDシミュレーションのトラジェクトリ解析を行います。ProLIFやMDAnalysisを使って、水素結合をメインにした相互作用の解析を行います。

OpenMMをステップバイステップで 〜Part 8 低分子-タンパク複合体シミュレーション〜

タンパク質と低分子リガンド複合体のMDシミュレーションについて系の構築と計算の実行を試しました。TeachOpenCADD T19を参考にしています。

OpenMMをステップバイステップで 〜Part 7 MDAnalysisでトラジェクトリ解析(②)〜

MD計算のトラジェクトリをMDAnalysisとPyTrajで解析します。主成分分析と相互相関解析を行います。

OpenMMをステップバイステップで 〜Part 6 MDAnalysisでトラジェクトリ解析(①)〜

MDAnalysisをつかってMDシミュレーションデータの解析を試みました。RMSDやRMSF、回転半径を求めました。

OpenMMをステップバイステップで 〜Part 5 シミュレーションプログラムの中身を理解しよう〜

OpenMMでMDシミュレーションを実行するためのプログラムの中身を理解しようとする記事です。

OpenMMをステップバイステップで 〜 Part 4-2 よくある質問(FAQ@GitHub)〜

OpenMMのFAQをDeepL翻訳(少し修正)しました。

OpenMMをステップバイステップで 〜 Part 4 ColabでOpenMM シミュレーションを実行 〜

OpenMM Setupで作成したファイルを使って、Google Colab上でMD計算を実行しました。よくわからない結果になりました。

OpenMMをステップバイステップで 〜 Part 3:GUIでシミュレーション条件の設定 〜

OpenMMの使い方をお勉強する記事のpart 3です。GUIでシミュレーション条件を設定して、スクリプトを手に入れます。

molzipで色々なリンカーのPROTACをつくろう!

RDKitのmolzipでフラグメントをつなげてPROTACライブラリをつくります。

OpenMMをステップバイステップで 〜 Part 2 PDBFixerでタンパク質の前処理 〜

PDBFixerのPython APIを利用してタンパク質構造の前処理を試しました。OpenMMのGUIとの比較です。

OpenMMをステップバイステップで 〜 Part 1:GUIでタンパク質の前処理 〜

MD計算をする前のタンパク質の前処理について、OpenMM Setupを使って試してみた記事です。

MD計算のためのオープンソースソフトウェアをさらっと

MD計算に関するオープンソフトウェアについて、Making it rainやTeachOpenCADDで扱われているものをピックアップしました。全部condaでインストールできそうです。

Google CouldでMD計算をお試し!ーMaking it rainー

Google ColabでMD計算を実行できるMaking it rainのチュートリアルを実行してみた結果を記事にしました。

2Dも3Dも!Panel-Chemistryでまとめて描画しよう!

Panel-Chemistryというライブラリのご紹介です。JSME、NGL viewer、py3Dmolをまとめて使えるようにされているみたいです。

Jupyter Notebookでも構造式を編集したい! 〜JSMEとipywidgetsでMolを扱う話〜

RDKitの構造式編集が大変なので、JSMEをJupyter notebook上で使おうとしてグダグダします。

Img2Molでピクトグラムを構造式に!

今年最後のおふざけ記事です。

TeachOpenCADD 2021をインストールした話

TeachOpenCADDが大幅にアップデートされた2021年版がリリースされました。インストールでちょっとつまずいたので記事にしました。

医薬品と回転異性体 〜実例とちょっと計算の検証〜

医薬品における回転異性体関するお話です。2面角に関する回転障壁の計算をRDKitとxTBで検証しました。

DeepMindのDFTのやつ(DM21)がColabで動きました

DeepMindのDFTのやつをColabで実行した結果です。GitHubのREADMEの抜粋です。

DeepMindのDFT論文を読んだメモ

DeepMindのDFTに関する論文を読んだので備忘録です。よく分かりませんでした。

アラート ≠ 禁止 〜ZINCデータベースの医薬品にPAINSフィルターをかけてみた話〜

ZINC15データベースから取り出した承認済み医薬品の構造にPAINSフィルターをかけてアラート構造を探してみました。

化学構造認識(OCSR) DECIMERプロジェクトとDECIMER 1.0で遊んだ話

画像からSMILESを抽出するソフトで遊ぶ話パート2です。DECIMER 1.0を試してみました。

化学構造式のOCRソフト Img2Molで画像をSMILESに変換しよう!

化学構造式のための画像認識ソフト Img2Molを使って遊んでみた記事です。

タンパク質構造のまとめサイト⁉︎ 3D-Beacons Networkで遊んだ話

タンパク質構造の実験データも予測モデルも統合して検索できるサイト、3D-Beacons Networkを使ってみました。PDBとAlphaFold DBだけじゃないよ。

深層学習っぽい用語のメモ 〜 Auxiliary loss、Transformer-XL、axial-attention〜

AlphaFold2でよくわからなかった深層学習の用語について調べたメモです。

Self Distillationって何?AlphaFold2では何をしているの?

Self distillationについてと、AlphaFold2での応用についてのメモ