magattacaのブログ

日付以外誤報

花咲爺の隣の家で 〜植物ホルモンとサリドマイドと分子糊〜

植物ホルモンとサリドマイドの意外な類似性??

TeachOpenCADD トピック11(パートC)〜オンラインAPI/サービスを使った構造に基づくCADD〜

ドッキング結果をPLIPで再解析

オフラインでドッキングする話(T11パートBの備忘録)

ProteinPlus、ODDT、AutoDockVinaで遊ぶ

TeachOpenCADD トピック11(パートB)〜オンラインAPI/サービスを使った構造に基づくCADD〜

オンラインでドッキングを試みる

KLIFSで遊んだ話(T11パートAの備忘録)

KLIFSのWebページとAPIの比較

TeachOpenCADD トピック11(パートA)〜オンラインAPI/サービスを使った構造に基づくCADD〜

複合体をKLIFSで検索し、類似リガンドをPubChemから取得

Webスクレイピング備忘録(T11 イントロより)

Webページからテーブルの情報を取得する方法のメモ

TeachOpenCADD トピック11(イントロ)〜オンラインAPI/サービスを使った構造に基づくCADD〜

Webサービスの利用に向けたイントロダクション

TeachOpenCADD トピック10 〜結合サイトの類似性とオフターゲット予測〜

オフターゲット予測を目的とした同一リガンドに結合するPDB構造の比較

TeachOpenCADD トピック9 〜リガンドベースファーマコフォア〜

RDKitでファーマコフォアモデリング

TeachOpenCADD トピック8 〜タンパク質データの取得〜

PDBの検索とデータの取得、PyMolを使ったアラインメント

TeachOpenCADD トピック7 〜リガンドベーススクリーニング〜

機械学習で活性/不活性を予測

TeachOpenCADD トピック6 〜最大共通部分構造〜

最大共通部分構造の探索

TeachOpenCADD トピック5 〜化合物クラスタリング〜

クラスタリングで多様な化合物をピックアップ

TeachOpenCADD トピック4 〜リガンドベーススクリーニング〜

フィンガープリントで類似度評価

TeachOpenCADD トピック3 〜部分構造による化合物フィルタリング〜

部分構造をもとにデータセットを絞り込む方法

TeachOpenCADD トピック2 〜指標による化合物フィルタリング〜

Rule of Fiveによる化合物フィルタリング

TeachOpenCADD トピック1 〜化合物データの取得 (ChEMBL)~

ChEMBLからEGFR阻害活性値をもつ化合物データを取得します。

はじめに ~TeachOpenCADD 環境構築~

イントロと環境構築の方法について

オープンソースで医薬品探索のコンセプトを勉強しよう!〜TeachOpenCADD〜

前置きの前置き

pymolをimportしようとする話の続きの話

教えていただいた解決方法を共有します

JupyterNotebookでpymolのimportに失敗した話

Jupyter Notebookでpymolをimportできるのでしょうか??

合成医薬品の変遷をバブルチャートで眺める話

今年もよろしくお願いいたします

低分子によるオリゴマーの制御? 〜低分子は神経変性を抑制できるか?〜

創薬 Advent Calendar が空いていたので埋めます。 adventar.org 今年は @fmkz__先生と@iwatobipen先生によるpy4chemoinfomaticsに始まり、 坊農先生の生命科学者のためのデータ解析実践道場、 金子先生の化学のための Pythonによるデータ解析・機械学習入門…

HomebrewとAnacondaとRDKitを入れ直した話

Macで色々導入する備忘録

MITのオンラインコースでお勉強した話

オンラインコースに課金してお勉強した話

GW読書感想文

GW10連休、皆様いかがお過ごしでしょうか?充実したお休みでしたでしょうか? GW期間中もお仕事だった皆様はお疲れ様です。ありがとうございました。 さて、とりあえず創薬レイドバトルがひと段落ついたので関連記事をGithubにまとめなおしました。 レポジト…

スコア関数を変えてドッキング結果を再解析する話

RF-Score VSをつかってスコアを修正。化合物スクリーニング最終工程。

SBVSしようとする話

ドッキングに挑戦しようとして右往左往

LBVSしようとする話

フィンガープリントを複数組み合わせて類似度評価を試みる