創薬ちゃんの格付けチェックの続問を勝手につくってみた
FDAに承認されたFMTについて少し調べてみました。
ESP-DNNでTyk2阻害剤の静電ポテンシャルを計算して親和性の差を議論します。
静電ポテンシャルを計算するツール ESP-DNNをGoogle Colabで実行して基本的な使い方を試します。
3次元構造に水素原子をつけようとしてがっかりしたときの解決方法
OpenMMでMDシミュレーションを試すシリーズのまとめ記事です。各記事へのリンクを貼っています。 備忘録としてParmEdにもふれています。
タンパク質-低分子複合体のMDシミュレーションのトラジェクトリ解析を行います。ProLIFやMDAnalysisを使って、水素結合をメインにした相互作用の解析を行います。
タンパク質と低分子リガンド複合体のMDシミュレーションについて系の構築と計算の実行を試しました。TeachOpenCADD T19を参考にしています。
MD計算のトラジェクトリをMDAnalysisとPyTrajで解析します。主成分分析と相互相関解析を行います。
MDAnalysisをつかってMDシミュレーションデータの解析を試みました。RMSDやRMSF、回転半径を求めました。
OpenMMでMDシミュレーションを実行するためのプログラムの中身を理解しようとする記事です。
OpenMMのFAQをDeepL翻訳(少し修正)しました。
OpenMM Setupで作成したファイルを使って、Google Colab上でMD計算を実行しました。よくわからない結果になりました。
OpenMMの使い方をお勉強する記事のpart 3です。GUIでシミュレーション条件を設定して、スクリプトを手に入れます。
RDKitのmolzipでフラグメントをつなげてPROTACライブラリをつくります。
PDBFixerのPython APIを利用してタンパク質構造の前処理を試しました。OpenMMのGUIとの比較です。
MD計算をする前のタンパク質の前処理について、OpenMM Setupを使って試してみた記事です。
MD計算に関するオープンソフトウェアについて、Making it rainやTeachOpenCADDで扱われているものをピックアップしました。全部condaでインストールできそうです。
Google ColabでMD計算を実行できるMaking it rainのチュートリアルを実行してみた結果を記事にしました。
Panel-Chemistryというライブラリのご紹介です。JSME、NGL viewer、py3Dmolをまとめて使えるようにされているみたいです。
RDKitの構造式編集が大変なので、JSMEをJupyter notebook上で使おうとしてグダグダします。
今年最後のおふざけ記事です。
TeachOpenCADDが大幅にアップデートされた2021年版がリリースされました。インストールでちょっとつまずいたので記事にしました。
医薬品における回転異性体関するお話です。2面角に関する回転障壁の計算をRDKitとxTBで検証しました。
DeepMindのDFTのやつをColabで実行した結果です。GitHubのREADMEの抜粋です。
DeepMindのDFTに関する論文を読んだので備忘録です。よく分かりませんでした。
ZINC15データベースから取り出した承認済み医薬品の構造にPAINSフィルターをかけてアラート構造を探してみました。
画像からSMILESを抽出するソフトで遊ぶ話パート2です。DECIMER 1.0を試してみました。
化学構造式のための画像認識ソフト Img2Molを使って遊んでみた記事です。
タンパク質構造の実験データも予測モデルも統合して検索できるサイト、3D-Beacons Networkを使ってみました。PDBとAlphaFold DBだけじゃないよ。