magattacaのブログ

日付以外誤報

合成医薬品の変遷をバブルチャートで眺める話

今年もよろしくお願いいたします

低分子によるオリゴマーの制御? 〜低分子は神経変性を抑制できるか?〜

創薬 Advent Calendar が空いていたので埋めます。 adventar.org 今年は @fmkz__先生と@iwatobipen先生によるpy4chemoinfomaticsに始まり、 坊農先生の生命科学者のためのデータ解析実践道場、 金子先生の化学のための Pythonによるデータ解析・機械学習入門…

HomebrewとAnacondaとRDKitを入れ直した話

Macで色々導入する備忘録

MITのオンラインコースでお勉強した話

オンラインコースに課金してお勉強した話

GW読書感想文

GW10連休、皆様いかがお過ごしでしょうか?充実したお休みでしたでしょうか? GW期間中もお仕事だった皆様はお疲れ様です。ありがとうございました。 さて、とりあえず創薬レイドバトルがひと段落ついたので関連記事をGithubにまとめなおしました。 レポジト…

スコア関数を変えてドッキング結果を再解析する話

RF-Score VSをつかってスコアを修正。化合物スクリーニング最終工程。

SBVSしようとする話

ドッキングに挑戦しようとして右往左往

LBVSしようとする話

フィンガープリントを複数組み合わせて類似度評価を試みる

リガンドを重ね合わせてファーマコフォアを作る話

LBDDっぽさを高めるために重ね合わせを実施

ファーマコフォアスクリーニングをする話

関数をつくってスクリーニング

ファーマコフォアを作ろうとする話

リガンドをベースにファーマコフォアを設定

RDKitのファーマコフォアの定義を眺める話

SMARTSを読むだけで悪戦苦闘

共結晶構造でPLIFを作ろうとした話

共結晶構造の情報を解析しようとした

オルト位置換基で絞り込む話

部分構造検索少しグレードアップ

SMARTS記法とRDKitの化学反応で遊んだ話

SMARTS記法を勉強して、C-H活性化反応

ファクトフルネスについてのファクトレスな読書感想文

話題の書籍「ファクトフルネス」を読んだ

部分構造で絞り込む話

ビフェニルを探し、KNIMEで遊ぶ

Lipinski先生に従うことにした話

偉大な先人へのリスペクト

SSSRを使って環状化合物と鎖状化合物を区別しようとする話

SSSRの使い道をちょっと理解した。

ライブラリの指標計算結果まとめ

ライブラリ側の指標を計算した。

活性化合物群を分析して指標の閾値を決めようとする話

RDKitをもちいた指標の計算とクラスタリングを行った。インタラクティブな描画の導入も行った。

分子量で絞り込もうとした話

データセットから分子量を基準に化合物の数を絞り込んだ。

SDFを読み込んでPythonのジェネレータを理解しようとした話

SDMolSupplierとFowardSDMolSupplierの違いについて調べました。

失われたIDを探せ!

終わらない前処理

メモリの節約でColaboratoryの壁を越えようとする話

節約に成功して、壁を2枚突破した。最後の壁は高すぎた。

RDKitとcolabolatoryで前処理しようとして挫折した話

前処理しようとして挫折した

お正月読書感想文

素人の、素人による、素人のための読書感想文

RDKit直訳 総括

RDKitドキュメンテーション翻訳の備忘録

Backwards incompatible changes 〜RDKit 直訳 Day25〜

こちらはRDKit直訳 Advent Calendar 2018 - Adventar 25日目の記事です。基本的な進め方は1日目の記事をご覧ください。 本日の訳出に困った用語 backward compatibility: 後方互換性 break compatibility: 互換性を破る break down: 分類する 以下、訳 後方…

The RDKit database cartridge 〜RDKit 直訳 Day24〜

(12/30追記)試訳をまとめたテストサイトを作成しました。よろしければご参照ください。 こちらはRDKit直訳 Advent Calendar 2018 - Adventar 24日目の記事です。基本的な進め方は1日目の記事をご覧ください。 本日の訳出に困った用語 timing information: …