PDBFixerのPython APIを利用してタンパク質構造の前処理を試しました。OpenMMのGUIとの比較です。

MD計算をする前のタンパク質の前処理について、OpenMM Setupを使って試してみた記事です。

MD計算に関するオープンソフトウェアについて、Making it rainやTeachOpenCADDで扱われているものをピックアップしました。全部condaでインストールできそうです。