創薬 Advent Calendar が空いていたので埋めます。 adventar.org 今年は @fmkz__先生と@iwatobipen先生によるpy4chemoinfomaticsに始まり、 坊農先生の生命科学者のためのデータ解析実践道場、 金子先生の化学のための Pythonによるデータ解析・機械学習入門…

Macで色々導入する備忘録

オンラインコースに課金してお勉強した話

GW10連休、皆様いかがお過ごしでしょうか？充実したお休みでしたでしょうか？ GW期間中もお仕事だった皆様はお疲れ様です。ありがとうございました。 さて、とりあえず創薬レイドバトルがひと段落ついたので関連記事をGithubにまとめなおしました。 レポジト…

RF-Score VSをつかってスコアを修正。化合物スクリーニング最終工程。

ドッキングに挑戦しようとして右往左往

フィンガープリントを複数組み合わせて類似度評価を試みる

LBDDっぽさを高めるために重ね合わせを実施

関数をつくってスクリーニング

リガンドをベースにファーマコフォアを設定

SMARTSを読むだけで悪戦苦闘

共結晶構造の情報を解析しようとした

部分構造検索少しグレードアップ

SMARTS記法を勉強して、C-H活性化反応

ビフェニルを探し、KNIMEで遊ぶ

偉大な先人へのリスペクト

SSSRの使い道をちょっと理解した。

ライブラリ側の指標を計算した。

RDKitをもちいた指標の計算とクラスタリングを行った。インタラクティブな描画の導入も行った。

データセットから分子量を基準に化合物の数を絞り込んだ。

SDMolSupplierとFowardSDMolSupplierの違いについて調べました。

終わらない前処理

節約に成功して、壁を２枚突破した。最後の壁は高すぎた。

前処理しようとして挫折した

素人の、素人による、素人のための読書感想文