RDKit とPDB共結晶構造 の3次元構造を比較

RDKit を用いた構造類似性の検証

RDKit で3D描画を試みる

cootで遊ぶ

PDBフォーマットの見方や注意点などについて調べてきました。折角ですので前記事を踏まえて再度、発端となった構造 [PDB id : 5NIX]の質について見てみましょう。 今まであまりにも知識がないため見て見ぬ振りをしていたのですが、X線結晶構造の実験データと…

PDBの中身もなんとなくわかったところで、当初の問題、PDBに登録された低分子の構造がなぜ間違っていたのかということを考えていきたいと思います。 その前に今回の内容の目次・・・ 1. PDBフォーマットの問題点 2. PDBを利用する上で非結晶学者が注意すべき…

PDBフォーマットの見方についての備忘録