MD計算のトラジェクトリをMDAnalysisとPyTrajで解析します。主成分分析と相互相関解析を行います。

MDAnalysisをつかってMDシミュレーションデータの解析を試みました。RMSDやRMSF、回転半径を求めました。

OpenMMでMDシミュレーションを実行するためのプログラムの中身を理解しようとする記事です。

OpenMMのFAQをDeepL翻訳（少し修正）しました。

OpenMM Setupで作成したファイルを使って、Google Colab上でMD計算を実行しました。よくわからない結果になりました。

OpenMMの使い方をお勉強する記事のpart 3です。GUIでシミュレーション条件を設定して、スクリプトを手に入れます。