今年最後のおふざけ記事です。

TeachOpenCADDが大幅にアップデートされた2021年版がリリースされました。インストールでちょっとつまずいたので記事にしました。

医薬品における回転異性体関するお話です。２面角に関する回転障壁の計算をRDKitとxTBで検証しました。

DeepMindのDFTのやつをColabで実行した結果です。GitHubのREADMEの抜粋です。

DeepMindのDFTに関する論文を読んだので備忘録です。よく分かりませんでした。

ZINC15データベースから取り出した承認済み医薬品の構造にPAINSフィルターをかけてアラート構造を探してみました。

画像からSMILESを抽出するソフトで遊ぶ話パート２です。DECIMER 1.0を試してみました。

化学構造式のための画像認識ソフト Img2Molを使って遊んでみた記事です。

タンパク質構造の実験データも予測モデルも統合して検索できるサイト、3D-Beacons Networkを使ってみました。PDBとAlphaFold DBだけじゃないよ。

AlphaFold2でよくわからなかった深層学習の用語について調べたメモです。

Self distillationについてと、AlphaFold2での応用についてのメモ

MSAから構造情報を抽出する背景についてのメモ。ついでにMSAとTransformerとAlphaFold2。

脱ユビキチン化酵素(DUB)と標的タンパクとを近接させるキメラ化合物のアプローチについて、bioRxivの文献をよんだ。

些細なプルリクを送った話です。

Nature 590, 89–96 (2021)のツールを触ってみました。反応最適化のゲームで遊んだり、ベイズ最適化ツールを試したりしました。

「独習 量子化学計算」で入門した感想と、Macで計算環境を構築する際につまずいた点のメモ

PyMOLとJupyter notebookの連携方法について調べました

3D PSAを求めようとして右往左往する内容です