RDKitのMolFromSequenceとMolFromHelmで利用可能な略号について調べました

RDKitでRadius of gyrationを求め、PyMolで描画しました。

XMLのお勉強をかねてChEMBLに登録されているモノマーを解析。

CXSMILESについて調べました。ついでにフェロセンをSMILESで表す方法を検証してみました。

核酸医薬品の基礎とHELM表現

HELM editorの導入と簡単な使い方の紹介

マクロ分子を原子レベルかつ簡潔に表現できる線形表記

AiZynthFinderのバッチ処理で共通の試薬を探ってみました。

AiZynthFinderで遊んでみました。

AiZynthFinderに関する論文を読みました。

J Cheminform 12, 56 (2020).を読む (4/4)

J Cheminform 12, 56 (2020).を読む (3/4)

J Cheminform 12, 56 (2020).を読む (2/4)

J Cheminform 12, 56 (2020).を読む (1/4)

ドッキング結果をPLIPで再解析

ProteinPlus、ODDT、AutoDockVinaで遊ぶ

オンラインでドッキングを試みる

KLIFSのWebページとAPIの比較

複合体をKLIFSで検索し、類似リガンドをPubChemから取得

Webページからテーブルの情報を取得する方法のメモ

Webサービスの利用に向けたイントロダクション

オフターゲット予測を目的とした同一リガンドに結合するPDB構造の比較

RDKitでファーマコフォアモデリング

PDBの検索とデータの取得、PyMolを使ったアラインメント

機械学習で活性/不活性を予測

最大共通部分構造の探索

クラスタリングで多様な化合物をピックアップ

フィンガープリントで類似度評価

部分構造をもとにデータセットを絞り込む方法

Rule of Fiveによる化合物フィルタリング