AlphaFold2でよくわからなかった深層学習の用語について調べたメモです。
Self distillationについてと、AlphaFold2での応用についてのメモ
MSAから構造情報を抽出する背景についてのメモ。ついでにMSAとTransformerとAlphaFold2。
脱ユビキチン化酵素(DUB)と標的タンパクとを近接させるキメラ化合物のアプローチについて、bioRxivの文献をよんだ。
些細なプルリクを送った話です。
Nature 590, 89–96 (2021)のツールを触ってみました。反応最適化のゲームで遊んだり、ベイズ最適化ツールを試したりしました。
「独習 量子化学計算」で入門した感想と、Macで計算環境を構築する際につまずいた点のメモ
PyMOLとJupyter notebookの連携方法について調べました
3D PSAを求めようとして右往左往する内容です
RDKitのMolFromSequenceとMolFromHelmで利用可能な略号について調べました
RDKitでRadius of gyrationを求め、PyMolで描画しました。
XMLのお勉強をかねてChEMBLに登録されているモノマーを解析。
CXSMILESについて調べました。ついでにフェロセンをSMILESで表す方法を検証してみました。
核酸医薬品の基礎とHELM表現
HELM editorの導入と簡単な使い方の紹介
マクロ分子を原子レベルかつ簡潔に表現できる線形表記
AiZynthFinderのバッチ処理で共通の試薬を探ってみました。
AiZynthFinderで遊んでみました。
AiZynthFinderに関する論文を読みました。
J Cheminform 12, 56 (2020).を読む (4/4)
J Cheminform 12, 56 (2020).を読む (3/4)
J Cheminform 12, 56 (2020).を読む (2/4)
J Cheminform 12, 56 (2020).を読む (1/4)
ドッキング結果をPLIPで再解析
ProteinPlus、ODDT、AutoDockVinaで遊ぶ
オンラインでドッキングを試みる
KLIFSのWebページとAPIの比較
複合体をKLIFSで検索し、類似リガンドをPubChemから取得
Webページからテーブルの情報を取得する方法のメモ
Webサービスの利用に向けたイントロダクション
