2022-01-01から1年間の記事一覧
ESP-DNNでTyk2阻害剤の静電ポテンシャルを計算して親和性の差を議論します。
静電ポテンシャルを計算するツール ESP-DNNをGoogle Colabで実行して基本的な使い方を試します。
３次元構造に水素原子をつけようとしてがっかりしたときの解決方法
OpenMMでMDシミュレーションを試すシリーズのまとめ記事です。各記事へのリンクを貼っています。 備忘録としてParmEdにもふれています。
タンパク質-低分子複合体のMDシミュレーションのトラジェクトリ解析を行います。ProLIFやMDAnalysisを使って、水素結合をメインにした相互作用の解析を行います。
タンパク質と低分子リガンド複合体のMDシミュレーションについて系の構築と計算の実行を試しました。TeachOpenCADD T19を参考にしています。
MD計算のトラジェクトリをMDAnalysisとPyTrajで解析します。主成分分析と相互相関解析を行います。
MDAnalysisをつかってMDシミュレーションデータの解析を試みました。RMSDやRMSF、回転半径を求めました。
OpenMMでMDシミュレーションを実行するためのプログラムの中身を理解しようとする記事です。
OpenMMのFAQをDeepL翻訳（少し修正）しました。
OpenMM Setupで作成したファイルを使って、Google Colab上でMD計算を実行しました。よくわからない結果になりました。
OpenMMの使い方をお勉強する記事のpart 3です。GUIでシミュレーション条件を設定して、スクリプトを手に入れます。
RDKitのmolzipでフラグメントをつなげてPROTACライブラリをつくります。
PDBFixerのPython APIを利用してタンパク質構造の前処理を試しました。OpenMMのGUIとの比較です。
MD計算をする前のタンパク質の前処理について、OpenMM Setupを使って試してみた記事です。
MD計算に関するオープンソフトウェアについて、Making it rainやTeachOpenCADDで扱われているものをピックアップしました。全部condaでインストールできそうです。
Google ColabでMD計算を実行できるMaking it rainのチュートリアルを実行してみた結果を記事にしました。
Panel-Chemistryというライブラリのご紹介です。JSME、NGL viewer、py3Dmolをまとめて使えるようにされているみたいです。
RDKitの構造式編集が大変なので、JSMEをJupyter notebook上で使おうとしてグダグダします。
