３次元構造に水素原子をつけようとしてがっかりしたときの解決方法

OpenMMでMDシミュレーションを試すシリーズのまとめ記事です。各記事へのリンクを貼っています。 備忘録としてParmEdにもふれています。

タンパク質-低分子複合体のMDシミュレーションのトラジェクトリ解析を行います。ProLIFやMDAnalysisを使って、水素結合をメインにした相互作用の解析を行います。

タンパク質と低分子リガンド複合体のMDシミュレーションについて系の構築と計算の実行を試しました。TeachOpenCADD T19を参考にしています。