（12/30追記）試訳をまとめたテストサイトを作成しました。よろしければご参照ください。 こちらはRDKit直訳 Advent Calendar 2018 - Adventar 7日目の記事です。基本的な進め方は1日目の記事をご覧ください。 本日の訳出に困った用語 pickling machinery : …

（12/30追記）試訳をまとめたテストサイトを作成しました。よろしければご参照ください。 こちらはRDKit直訳 Advent Calendar 2018 - Adventar 6日目の記事です。基本的な進め方は1日目の記事をご覧ください。 本日の訳出に困った用語 canonical orientation…

（12/30追記）試訳をまとめたテストサイトを作成しました。よろしければご参照ください。 こちらはRDKit直訳 Advent Calendar 2018 - Adventar 5日目の記事です。基本的な進め方は1日目の記事をご覧ください。 本日の訳出に困った用語 hydrogen atoms implic…

（12/30追記）試訳をまとめたテストサイトを作成しました。よろしければご参照ください。 こちらはRDKit直訳 Advent Calendar 2018 - Adventar 4日目の記事です。基本的な進め方は1日目の記事をご覧ください。 本日の訳出に困った用語 atomic coordinate: 原…

（12/30追記）試訳をまとめたテストサイトを作成しました。よろしければご参照ください。 こちらはRDKit直訳 Advent Calendar 2018 - Adventar 3日目の記事です。基本的な進め方は1日目の記事をご覧ください。 本日の訳出に困った用語 good practice: グッド…

（12/30追記）試訳をまとめたテストサイトを作成しました。よろしければご参照ください。 こちらはRDKit直訳 Advent Calendar 2018 - Adventar 2日目の記事です。基本的な進め方は1日目の記事をご覧ください。 本日の訳出に困った用語 molecular operations:…

「RDKitに入門！」と題して、３回にわたりRDKitを使って遊んでみました。非常に便利で、まだまだ素敵な機能がたくさんありそうです。これまでの記事は、完全に「化学の新しいカタチ」さんの記事に負んぶに抱っこという感じで、ひたすらコードをコピー＆ペー…

RDKit とPDB共結晶構造 の3次元構造を比較

RDKit を用いた構造類似性の検証

RDKit で3D描画を試みる

cootで遊ぶ

PDBフォーマットの見方や注意点などについて調べてきました。折角ですので前記事を踏まえて再度、発端となった構造 [PDB id : 5NIX]の質について見てみましょう。 今まであまりにも知識がないため見て見ぬ振りをしていたのですが、X線結晶構造の実験データと…

PDBの中身もなんとなくわかったところで、当初の問題、PDBに登録された低分子の構造がなぜ間違っていたのかということを考えていきたいと思います。 その前に今回の内容の目次・・・ 1. PDBフォーマットの問題点 2. PDBを利用する上で非結晶学者が注意すべき…

PDBフォーマットの見方についての備忘録

前回よくわからないままUniProtを参照してしまいましたので少し調べて見たいと思います。 UniProt （別称: The Universal Protein Resource ) アミノ酸配列とその機能情報を掲載している代表的なデータベースです。「UniProtKB」、「UniRef」、「UniParc」の…

これまでPD-L1 / PD-1 の複合体結晶 [ PDB id : 4ZQK ]などで遊んできました。 ところが、気になるつぶやきが、、、 どうやら私が見ている構造は部分構造にすぎないとのこと。 （すみません元ツイートを貼ろうと思いましたがTwitterの貼りつけ方わかりません…

それでは前記事でご紹介したCASTpをPD-1/PD-L1に使ってみたいと思います。 まずはBMSリガンドとPD-L1の共結晶構造から。[PDB id: 5J8O] 下図左がPDBのviewerのキャプチャ、下図右がCASTpで認識されたポケットです。 認識されたポケットの上位３つを、赤色(Re…

これまで共結晶構造をながめてきました。「結合サイトはここでOK!」という感じですが、一歩立ち止まってもっと良い結合サイトがないか検証してみたいと思います。 以下のサイトを使用したいと思います。 CASTp 3.0: Computed Atlas of Surface Topography of…

前記事でピックアップしたPDBファイルについてもう少しながめてみようと思います。 久しぶりにPDBにアクセスしたらいろいろな機能が追加されていました。 先ずはPDB id: [5J8O] こんな化合物がPD-L1に結合しています。化合物のID は [6GZ] です。 (2R)-1-({3…

この記事はPD-1/PD-L1に対する低分子創薬に関する記事です。 ノーベル賞関連をぼんやりながめていたら以下のイベントをみつけました。 souyakuchan.github.io 薬学部にいた遠い記憶を掘り起こし、ちょっと調べてみることに。。。 とはいえ、ボーナスで買って…