magattacaのブログ

日付以外誤報

An overview of the RDKit 〜RDKit 直訳 Day2〜

RDKit直訳

（12/30追記）試訳をまとめたテストサイトを作成しました。よろしければご参照ください。

こちらはRDKit直訳 Advent Calendar 2018 - Adventar 2日目の記事です。基本的な進め方は1日目の記事をご覧ください。

本日の訳出に困った用語
molecular operations: 分子の操作、取り扱い
Molecular database cartridge: 化合物データベース・カートリッジ
fingerprint similarity searching: フィンガープリント類似性探索
adaptive modeling: 適合モデリング
optimized cross reactivity estimation: 最適化交差反応性予測
commercially-available compounds: 購入可能な化合物
Gaussian molecular overlap code: ガウス型の分子重ね合わせコード
interrogation: 精査
directed synthesis: 指向性合成

以下、訳

RDKitの概要(An overview of the RDKit)

[Link] https://www.rdkit.org/docs/Overview.html#an-overview-of-the-rdkit

RDKitっていったい？(What is it?)

[Link] https://www.rdkit.org/docs/Overview.html#what-is-it

ケモインフォマティクス のためのオープンソースのツールキット(Open source toolkit for cheminformatics)

[Link] https://www.rdkit.org/docs/Overview.html#open-source-toolkit-for-cheminformatics

運営に関する情報 (Operational)

[Link] https://www.rdkit.org/docs/Overview.html#operational

[link] rdkit-discuss
[link] rdkit-devel

沿革(History)

[Link] https://www.rdkit.org/docs/Overview.html#history

  • 2000-2006: Rational DiscoveryにおいてADME、Tox、生理活性を予測するモデルを作成するために開発され使われていた
  • June 2006: ソフトウェアをオープンソース(BSD license)としてリリース、Rational Discoveryを閉鎖
  • 現在まで: オープンソースでの開発を継続、Novartis内で使用、Novartisからのコントリビューションはオープンソース版へ反映

他のオープンソースプロジェクトとの統合

[Link] https://www.rdkit.org/docs/Overview.html#integration-with-other-open-source-projects

[脚注1] :これらの実装は機能しますが、必ずしも最良、最速、完全であるとは限りません。

他のオープソースプロジェクトによる使用(Usage by other open-source projects)

[Link] https://www.rdkit.org/docs/Overview.html#usage-by-other-open-source-projects

この項目は必然的に最新の情報ではなくなってしまいます。もし他にご存知のプロジェクトがあれば我々に連絡、あるいはプルリクエストをサブミットしてください！

  • gpusimilarity - フィンガープリント類似性探索の Cuda/Thrustによる実装
    [link] gpusimilarity
  • Samson Connect - ナノシステムのシミュレーションと適合モデリングのためのソフトウェア
    [link] Samson Connect
  • mol_frame - DaskとPandas DataFrameのための化学構造の取り扱い
    [link] mol_frame 　　
  • RDKitjs - JavasScriptのためのRDKit機能のポート
    [link] RDKitjs
  • DeepChem - 化学のためのディープラーニングのためのpythonライブラリ
    [link] DeepChem
  • mmpdb - Matched molecular pair データベースの生成と分析
    [link] mmpdb
  • CheTo (文献)- ケミカルトピックモデリング
    [link] CheTo
    [link] 文献
  • OCEAN (文献)- 最適化交差反応性予測
    [link] OCEAN
    [link] 文献
  • ChEMBL Beaker - RDKit と OSARのためのスタンドアローンウェブサーバーラッパー
    [link] ChEMBL Beaker
  • myChEMBL (ブログ記事, 文献) - ケモインフォマティクスツールとオープンデータの仮想マシンによる実装
    [link] myChEMBL
    [link] ブログ記事
    [link] 文献
  • ZINC - バーチャルスクリーニングのための購入可能な化合物の無料データベース
    [link] ZINC
  • sdf_viewer.py - インラタクティブなSDFビューワー
    [link] sdf_viewer.py
  • sdf2ppt - Powerpoint/openofficeプレゼンテーションでSDFファイルの読み込みとイメージグリッドとして分子の表示を行う
    [link] sdf2ppt
  • MolGears - 生理活性分子のためのケモインフォマティクスツール
    [link] MolGears
  • PYPL - Oracle PL/SQLからPythonスクリプトの呼び出しを可能にするシンプルなカートリッジ
    [link] PYPL
  • shape-it-rdkit - silicos it からRDKitバックエンドに移植されたガウス型の分子重ね合わせコード
    [link] shape-it-rdkit
  • WONKA - タンパク質-リガンド共結晶構造の解析と精査のためのツール
    [link] WONKA
  • OOMMPPAA - タンパク質-リガンド共結晶構造に基づく指向性合成とデータ分析のためのツール
    [link] OOMMPPAA
  • OCEAN - ChEMBLをデータソースとして用いて化学構造の標的を予測するためのツール
    [link] OCEAN
  • chemfp - 非常に高速なフィンガープリント検索
    [link] chemfp
  • rdkit_ipynb_tools - IPython NotebookのためのRDKitツール
    [link] rdkit_ipynb_tools
  • Vernalis KNIME nodes
    [link] Vernalis KNIME nodes
  • Erlwood KNIME nodes
    [link] Erlwood KNIME nodes
  • AZOrange
    [link] AZOrange

The Contrib Directory

[Link] https://www.rdkit.org/docs/Overview.html#the-contrib-directory

標準RDKitディストリビューションの一部である Contrib ディレクトリはコミュニティメンバーからのコントリビューションによるコードを含みます。

脚注(Footenotes)

[Link] https://www.rdkit.org/docs/Overview.html#footnotes

脚注1: これらの実装は機能しますが、必ずしも最良、最速、あるいは最も完全であるとは限りません。

ライセンス(License)

[Link] https://www.rdkit.org/docs/Overview.html#license

この文書の著作権は copyright (C) 2013-2018 by Greg Landrum に所属しています。

この文書はCreative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 Licenseのもとでライセンスされています。このライセンスを見るためにはhttp://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ にアクセスするか、Creative Commons, 543 Howard Street, 5th Floor, San Francisco, California, 94105, USA.　に手紙を送ってください。

このライセンスの意図はRDKitそのものの意図と似ています。簡単に言えば "これを使ってなんでもやりたいことをやっていいけど、私たちの功績にも言及してください”

12/02/2018

このブログ記事のライセンス

以上はRDKit Documentationの試訳です。
ライセンスはCC BY-SA 4.0で、Greg Landrum氏の功績の元に作成しています。
Creative Commons — Attribution-ShareAlike 4.0 International — CC BY-SA 4.0