An overview of the RDKit 〜RDKit 直訳 Day2〜
(12/30追記)試訳をまとめたテストサイトを作成しました。よろしければご参照ください。
こちらはRDKit直訳 Advent Calendar 2018 - Adventar 2日目の記事です。基本的な進め方は1日目の記事をご覧ください。
本日の訳出に困った用語
molecular operations: 分子の操作、取り扱い
Molecular database cartridge: 化合物データベース・カートリッジ
fingerprint similarity searching: フィンガープリント類似性探索
adaptive modeling: 適合モデリング
optimized cross reactivity estimation: 最適化交差反応性予測
commercially-available compounds: 購入可能な化合物
Gaussian molecular overlap code: ガウス型の分子重ね合わせコード
interrogation: 精査
directed synthesis: 指向性合成
以下、訳
RDKitの概要(An overview of the RDKit)
[Link] https://www.rdkit.org/docs/Overview.html#an-overview-of-the-rdkit
RDKitっていったい?(What is it?)
[Link] https://www.rdkit.org/docs/Overview.html#what-is-it
ケモインフォマティクス のためのオープンソースのツールキット(Open source toolkit for cheminformatics)
[Link] https://www.rdkit.org/docs/Overview.html#open-source-toolkit-for-cheminformatics
- ビジネスフレンドリーなBSDライセンス
- コアデータストラクチャーとアルゴリズムはC++で記載
- Python(2.x および3.x)のラッパーは Boost.Pythonを使って作成
- Java と C# のラッパーはSWIGを使って作成
- 2D と 3D で分子を取り扱えます
- 機械学習のための記述子を生成
- PostgreSQLのための化合物データベース・カートリッジ
- KNIMEのためのケモインフォマティクスノード (KNIMEコミュニティサイト: https://www.knime.com/rdkit から配布されています)
運営に関する情報 (Operational)
[Link] https://www.rdkit.org/docs/Overview.html#operational
- http://www.rdkit.org
- サポート Mac/Windows/Linux
- 6ヶ月ごとにリリース
- Web上の情報:
- ホームページ: http://www.rdkit.org ドキュメンテーション、リンク
- Github:(https://github.com/rdkit) ダウンロード、バグ追跡、Git リポジトリ
- Sourceforge (http://sourceforge.net/projects/rdkit) メーリングリスト
- ブログ (https://rdkit.blogspot.com) うまく使うための秘訣, 技, 雑多な話題
- チュートリアル (https://github.com/rdkit/rdkit-tutorials) RDKit使用方法のJupyterベースのチュートリアル
- KNIMEとの統合 (https://github.com/rdkit/knime-rdkit) KNIME向けのRDKit ノード
- メーリングリストは https://sourceforge.net/p/rdkit/mailman/ で、検索可能なアーカイブはrdkit-discussとrdkit-develです
[link] rdkit-discuss
[link] rdkit-devel
- ソーシャルメディア:
- Twitter: @RDKit_org
- LinkedIn: https://www.linkedin.com/groups/8192558
- Slack: https://rdkit.slack.com (招待が必要です、Gregに連絡してください)
沿革(History)
[Link] https://www.rdkit.org/docs/Overview.html#history
- 2000-2006: Rational DiscoveryにおいてADME、Tox、生理活性を予測するモデルを作成するために開発され使われていた
- June 2006: ソフトウェアをオープンソース(BSD license)としてリリース、Rational Discoveryを閉鎖
- 現在まで: オープンソースでの開発を継続、Novartis内で使用、Novartisからのコントリビューションはオープンソース版へ反映
他のオープンソースプロジェクトとの統合
[Link] https://www.rdkit.org/docs/Overview.html#integration-with-other-open-source-projects
- KNIME:ワークフローと分析ツール
[link] KNIME - PostgreSQL: 拡張可能なリレーショナルデータベース
[link] PostgreSQL - Django:"締め切りに追われる完璧主義者のためのウェブフレームワーク"
[link] Django - SQLite -"世界で最も使われているデータベースエンジン"
[link] SQLite - Lucene: テキストサーチエンジン
[link] Lucene
[脚注1] :これらの実装は機能しますが、必ずしも最良、最速、完全であるとは限りません。
他のオープソースプロジェクトによる使用(Usage by other open-source projects)
[Link] https://www.rdkit.org/docs/Overview.html#usage-by-other-open-source-projects
この項目は必然的に最新の情報ではなくなってしまいます。もし他にご存知のプロジェクトがあれば我々に連絡、あるいはプルリクエストをサブミットしてください!
- gpusimilarity - フィンガープリント類似性探索の Cuda/Thrustによる実装
[link] gpusimilarity - Samson Connect - ナノシステムのシミュレーションと適合モデリングのためのソフトウェア
[link] Samson Connect - mol_frame - DaskとPandas DataFrameのための化学構造の取り扱い
[link] mol_frame - RDKitjs - JavasScriptのためのRDKit機能のポート
[link] RDKitjs - DeepChem - 化学のためのディープラーニングのためのpythonライブラリ
[link] DeepChem - mmpdb - Matched molecular pair データベースの生成と分析
[link] mmpdb - CheTo (文献)- ケミカルトピックモデリング
[link] CheTo
[link] 文献 - OCEAN (文献)- 最適化交差反応性予測
[link] OCEAN
[link] 文献 - ChEMBL Beaker - RDKit と OSARのためのスタンドアローンウェブサーバーラッパー
[link] ChEMBL Beaker - myChEMBL (ブログ記事, 文献) - ケモインフォマティクスツールとオープンデータの仮想マシンによる実装
[link] myChEMBL
[link] ブログ記事
[link] 文献 - ZINC - バーチャルスクリーニングのための購入可能な化合物の無料データベース
[link] ZINC - sdf_viewer.py - インラタクティブなSDFビューワー
[link] sdf_viewer.py - sdf2ppt - Powerpoint/openofficeプレゼンテーションでSDFファイルの読み込みとイメージグリッドとして分子の表示を行う
[link] sdf2ppt - MolGears - 生理活性分子のためのケモインフォマティクスツール
[link] MolGears - PYPL - Oracle PL/SQLからPythonスクリプトの呼び出しを可能にするシンプルなカートリッジ
[link] PYPL - shape-it-rdkit - silicos it からRDKitバックエンドに移植されたガウス型の分子重ね合わせコード
[link] shape-it-rdkit - WONKA - タンパク質-リガンド共結晶構造の解析と精査のためのツール
[link] WONKA - OOMMPPAA - タンパク質-リガンド共結晶構造に基づく指向性合成とデータ分析のためのツール
[link] OOMMPPAA - OCEAN - ChEMBLをデータソースとして用いて化学構造の標的を予測するためのツール
[link] OCEAN - chemfp - 非常に高速なフィンガープリント検索
[link] chemfp - rdkit_ipynb_tools - IPython NotebookのためのRDKitツール
[link] rdkit_ipynb_tools - Vernalis KNIME nodes
[link] Vernalis KNIME nodes - Erlwood KNIME nodes
[link] Erlwood KNIME nodes - AZOrange
[link] AZOrange
The Contrib Directory
[Link] https://www.rdkit.org/docs/Overview.html#the-contrib-directory
標準RDKitディストリビューションの一部である Contrib ディレクトリはコミュニティメンバーからのコントリビューションによるコードを含みます。
脚注(Footenotes)
[Link] https://www.rdkit.org/docs/Overview.html#footnotes
脚注1: これらの実装は機能しますが、必ずしも最良、最速、あるいは最も完全であるとは限りません。
ライセンス(License)
[Link] https://www.rdkit.org/docs/Overview.html#license
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このライセンスの意図はRDKitそのものの意図と似ています。簡単に言えば "これを使ってなんでもやりたいことをやっていいけど、私たちの功績にも言及してください”
12/02/2018
このブログ記事のライセンス
以上はRDKit Documentationの試訳です。
ライセンスはCC BY-SA 4.0で、Greg Landrum氏の功績の元に作成しています。
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