magattacaのブログ

日付以外誤報

Lipinski先生に従うことにした話

偉大な先人へのリスペクト

SSSRを使って環状化合物と鎖状化合物を区別しようとする話

SSSRの使い道をちょっと理解した。

ライブラリの指標計算結果まとめ

ライブラリ側の指標を計算した。

活性化合物群を分析して指標の閾値を決めようとする話

RDKitをもちいた指標の計算とクラスタリングを行った。インタラクティブな描画の導入も行った。

分子量で絞り込もうとした話

データセットから分子量を基準に化合物の数を絞り込んだ。

SDFを読み込んでPythonのジェネレータを理解しようとした話

SDMolSupplierとFowardSDMolSupplierの違いについて調べました。

失われたIDを探せ!

終わらない前処理

メモリの節約でColaboratoryの壁を越えようとする話

節約に成功して、壁を2枚突破した。最後の壁は高すぎた。

RDKitとcolabolatoryで前処理しようとして挫折した話

前処理しようとして挫折した

お正月読書感想文

素人の、素人による、素人のための読書感想文

RDKit直訳 総括

RDKitドキュメンテーション翻訳の備忘録

Backwards incompatible changes 〜RDKit 直訳 Day25〜

こちらはRDKit直訳 Advent Calendar 2018 - Adventar 25日目の記事です。基本的な進め方は1日目の記事をご覧ください。 本日の訳出に困った用語 backward compatibility: 後方互換性 break compatibility: 互換性を破る break down: 分類する 以下、訳 後方…

The RDKit database cartridge 〜RDKit 直訳 Day24〜

(12/30追記)試訳をまとめたテストサイトを作成しました。よろしければご参照ください。 こちらはRDKit直訳 Advent Calendar 2018 - Adventar 24日目の記事です。基本的な進め方は1日目の記事をご覧ください。 本日の訳出に困った用語 timing information: …

The RDKit Book 〜RDKit 直訳 Day23〜

(12/30追記)試訳をまとめたテストサイトを作成しました。よろしければご参照ください。 こちらはRDKit直訳 Advent Calendar 2018 - Adventar 23日目の記事です。基本的な進め方は1日目の記事をご覧ください。 本日の訳出に困った用語 electron-contributio…

Miscellaneous Tips and Hints 〜RDKit 直訳 Day22〜

(12/30追記)試訳をまとめたテストサイトを作成しました。よろしければご参照ください。 こちらはRDKit直訳 Advent Calendar 2018 - Adventar 22日目の記事です。基本的な進め方は1日目の記事をご覧ください。 本日の訳出に困った用語 inertia: 慣性 princi…

Non-Chemical Functionality 〜RDKit 直訳 Day21〜

(12/30追記)試訳をまとめたテストサイトを作成しました。よろしければご参照ください。 こちらはRDKit直訳 Advent Calendar 2018 - Adventar 21日目の記事です。基本的な進め方は1日目の記事をご覧ください。 本日の訳出に困った用語 binary value: 2進値…

Molecular Fragments 〜RDKit 直訳 Day20〜

(12/30追記)試訳をまとめたテストサイトを作成しました。よろしければご参照ください。 こちらはRDKit直訳 Advent Calendar 2018 - Adventar 20日目の記事です。基本的な進め方は1日目の記事をご覧ください。 本日の訳出に困った用語 bit ranking function…

Chemical Features and Pharmacophores 〜RDKit 直訳 Day19〜

(12/30追記)試訳をまとめたテストサイトを作成しました。よろしければご参照ください。 こちらはRDKit直訳 Advent Calendar 2018 - Adventar 19日目の記事です。基本的な進め方は1日目の記事をご覧ください。 本日の訳出に困った用語 Chemical Features: …

Chemical Reactions part2 〜RDKit 直訳 Day18〜

(12/30追記)試訳をまとめたテストサイトを作成しました。よろしければご参照ください。 こちらはRDKit直訳 Advent Calendar 2018 - Adventar 18日目の記事です。基本的な進め方は1日目の記事をご覧ください。 本日の訳出に困った用語 dummy atom: ダミーア…

Chemical Reactions part1 〜RDKit 直訳 Day17〜

(12/30追記)試訳をまとめたテストサイトを作成しました。よろしければご参照ください。 こちらはRDKit直訳 Advent Calendar 2018 - Adventar 17日目の記事です。基本的な進め方は1日目の記事をご覧ください。 本日の訳出に困った用語 SMARTS-based languag…

RDKit Cookbook 〜RDKit 直訳 Day16〜

(12/30追記)試訳をまとめたテストサイトを作成しました。よろしければご参照ください。 こちらはRDKit直訳 Advent Calendar 2018 - Adventar 16日目の記事です。基本的な進め方は1日目の記事をご覧ください。 本日の訳出に困った用語 align: アラインメン…

Descriptor Calculation 〜RDKit 直訳 Day15〜

(12/30追記)試訳をまとめたテストサイトを作成しました。よろしければご参照ください。 こちらはRDKit直訳 Advent Calendar 2018 - Adventar 15日目の記事です。基本的な進め方は1日目の記事をご覧ください。 本日の訳出に困った用語 Gasteiger partial ch…

Fingerprinting and Molecular Similarity part3 〜RDKit 直訳 Day14〜

(12/30追記)試訳をまとめたテストサイトを作成しました。よろしければご参照ください。 こちらはRDKit直訳 Advent Calendar 2018 - Adventar 14日目の記事です。基本的な進め方は1日目の記事をご覧ください。 本日の訳出に困った用語 picker: ピッカー sim…

低分子でタンパク質の量を制御 〜アゴニストでもアンタゴニストでも阻害剤でもないMOA〜

創薬 Advent Calendar 2018 - Adventar 13日目が空いていたので埋めます。 創薬アドベントカレンダーを読むような方々には釈迦に説法という感があり恐縮なのですが、しばしお付き合いいただければと思います。 言うまでもありませんが、医薬品となる化合物の…

Fingerprinting and Molecular Similarity part2 〜RDKit 直訳 Day13〜

(12/30追記)試訳をまとめたテストサイトを作成しました。よろしければご参照ください。 こちらはRDKit直訳 Advent Calendar 2018 - Adventar 13日目の記事です。基本的な進め方は1日目の記事をご覧ください。 本日の訳出に困った用語 Morgan fingerprint: …

Fingerprinting and Molecular Similarity part1 〜RDKit 直訳 Day12〜

(12/30追記)試訳をまとめたテストサイトを作成しました。よろしければご参照ください。 こちらはRDKit直訳 Advent Calendar 2018 - Adventar 12日目の記事です。基本的な進め方は1日目の記事をご覧ください。 本日の訳出に困った用語 Fingerprinting : フ…

Maximum Common Substructure 〜RDKit 直訳 Day11〜

(12/30追記)試訳をまとめたテストサイトを作成しました。よろしければご参照ください。 こちらはRDKit直訳 Advent Calendar 2018 - Adventar 11日目の記事です。基本的な進め方は1日目の記事をご覧ください。 本日の訳出に困った用語 SMARTS string: SMART…

Chemical Transformations 〜RDKit 直訳 Day10〜

(12/30追記)試訳をまとめたテストサイトを作成しました。よろしければご参照ください。 こちらはRDKit直訳 Advent Calendar 2018 - Adventar 10日目の記事です。基本的な進め方は1日目の記事をご覧ください。 本日の訳出に困った用語 core: 骨格 sidechain…

Installation 〜RDKit 直訳 Day9〜

(12/30追記)試訳をまとめたテストサイトを作成しました。よろしければご参照ください。 こちらはRDKit直訳 Advent Calendar 2018 - Adventar 9日目の記事です。基本的な進め方は1日目の記事をご覧ください。 以下、訳 インストールの仕方(Installation) [L…

Substructure Searching〜RDKit 直訳 Day8〜

(12/30追記)試訳をまとめたテストサイトを作成しました。よろしければご参照ください。 こちらはRDKit直訳 Advent Calendar 2018 - Adventar 8日目の記事です。基本的な進め方は1日目の記事をご覧ください。 本日の訳出に困った用語 substructure matching…