それでは前記事でご紹介したCASTpをPD-1/PD-L1に使ってみたいと思います。 まずはBMSリガンドとPD-L1の共結晶構造から。[PDB id: 5J8O] 下図左がPDBのviewerのキャプチャ、下図右がCASTpで認識されたポケットです。 認識されたポケットの上位３つを、赤色(Re…

これまで共結晶構造をながめてきました。「結合サイトはここでOK!」という感じですが、一歩立ち止まってもっと良い結合サイトがないか検証してみたいと思います。 以下のサイトを使用したいと思います。 CASTp 3.0: Computed Atlas of Surface Topography of…