オフターゲット予測を目的とした同一リガンドに結合するPDB構造の比較
RDKitでファーマコフォアモデリング
PDBの検索とデータの取得、PyMolを使ったアラインメント
機械学習で活性/不活性を予測
最大共通部分構造の探索
クラスタリングで多様な化合物をピックアップ
フィンガープリントで類似度評価
部分構造をもとにデータセットを絞り込む方法
Rule of Fiveによる化合物フィルタリング
ChEMBLからEGFR阻害活性値をもつ化合物データを取得します。
イントロと環境構築の方法について
前置きの前置き
教えていただいた解決方法を共有します
Jupyter Notebookでpymolをimportできるのでしょうか？？
今年もよろしくお願いいたします
創薬 Advent Calendar が空いていたので埋めます。 adventar.org 今年は @fmkz__先生と@iwatobipen先生によるpy4chemoinfomaticsに始まり、 坊農先生の生命科学者のためのデータ解析実践道場、 金子先生の化学のための Pythonによるデータ解析・機械学習入門…
Macで色々導入する備忘録
オンラインコースに課金してお勉強した話
GW10連休、皆様いかがお過ごしでしょうか？充実したお休みでしたでしょうか？ GW期間中もお仕事だった皆様はお疲れ様です。ありがとうございました。 さて、とりあえず創薬レイドバトルがひと段落ついたので関連記事をGithubにまとめなおしました。 レポジト…
RF-Score VSをつかってスコアを修正。化合物スクリーニング最終工程。
ドッキングに挑戦しようとして右往左往
フィンガープリントを複数組み合わせて類似度評価を試みる
LBDDっぽさを高めるために重ね合わせを実施
関数をつくってスクリーニング
リガンドをベースにファーマコフォアを設定
SMARTSを読むだけで悪戦苦闘
共結晶構造の情報を解析しようとした
部分構造検索少しグレードアップ
SMARTS記法を勉強して、C-H活性化反応
ビフェニルを探し、KNIMEで遊ぶ
