magattacaのブログ

日付以外誤報

TeachOpenCADD

TeachOpenCADD トピック11(パートC)〜オンラインAPI/サービスを使った構造に基づくCADD〜

ドッキング結果をPLIPで再解析

オフラインでドッキングする話(T11パートBの備忘録)

ProteinPlus、ODDT、AutoDockVinaで遊ぶ

TeachOpenCADD トピック11(パートB)〜オンラインAPI/サービスを使った構造に基づくCADD〜

オンラインでドッキングを試みる

KLIFSで遊んだ話(T11パートAの備忘録)

KLIFSのWebページとAPIの比較

TeachOpenCADD トピック11(パートA)〜オンラインAPI/サービスを使った構造に基づくCADD〜

複合体をKLIFSで検索し、類似リガンドをPubChemから取得

Webスクレイピング備忘録(T11 イントロより)

Webページからテーブルの情報を取得する方法のメモ

TeachOpenCADD トピック11(イントロ)〜オンラインAPI/サービスを使った構造に基づくCADD〜

Webサービスの利用に向けたイントロダクション

TeachOpenCADD トピック10 〜結合サイトの類似性とオフターゲット予測〜

オフターゲット予測を目的とした同一リガンドに結合するPDB構造の比較

TeachOpenCADD トピック9 〜リガンドベースファーマコフォア〜

RDKitでファーマコフォアモデリング

TeachOpenCADD トピック8 〜タンパク質データの取得〜

PDBの検索とデータの取得、PyMolを使ったアラインメント

TeachOpenCADD トピック7 〜リガンドベーススクリーニング〜

機械学習で活性/不活性を予測

TeachOpenCADD トピック6 〜最大共通部分構造〜

最大共通部分構造の探索

TeachOpenCADD トピック5 〜化合物クラスタリング〜

クラスタリングで多様な化合物をピックアップ

TeachOpenCADD トピック4 〜リガンドベーススクリーニング〜

フィンガープリントで類似度評価

TeachOpenCADD トピック3 〜部分構造による化合物フィルタリング〜

部分構造をもとにデータセットを絞り込む方法

TeachOpenCADD トピック2 〜指標による化合物フィルタリング〜

Rule of Fiveによる化合物フィルタリング

TeachOpenCADD トピック1 〜化合物データの取得 (ChEMBL)~

ChEMBLからEGFR阻害活性値をもつ化合物データを取得します。

はじめに ~TeachOpenCADD 環境構築~

イントロと環境構築の方法について

オープンソースで医薬品探索のコンセプトを勉強しよう!〜TeachOpenCADD〜

前置きの前置き