magattacaのブログ

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Descriptor Calculation 〜RDKit 直訳 Day15〜

(12/30追記)試訳をまとめたテストサイトを作成しました。よろしければご参照ください。

こちらはRDKit直訳 Advent Calendar 2018 - Adventar 15日目の記事です。基本的な進め方は1日目の記事をご覧ください。

本日の訳出に困った用語
Gasteiger partial charges: Gasteiger部分電荷
color sheme: カラースキーム、色彩設計  Crippen contributions: Crippen寄与

以下、訳

記述子計算(Descriptor Calculation)

[Link] https://www.rdkit.org/docs/GettingStartedInPython.html#descriptor-calculation

RDKitには様々な記述子が実装されています。記述子の完全なリストはList of Available Descriptorsを参照してください。

[list] List of Available Descriptors

記述子のほとんどはPythonから集中型のrdkit.Chem.Descriptorsモジュールを介して直接使うことができます:

[list] rdkit.Chem.Descriptors

>>> from rdkit.Chem import Descriptors
>>> m = Chem.MolFromSmiles('c1ccccc1C(=O)O')
>>> Descriptors.TPSA(m)
37.3
>>> Descriptors.MolLogP(m)
1.3848

部分電荷の扱い方は少し異なります:

>>> m = Chem.MolFromSmiles('c1ccccc1C(=O)O')
>>> AllChem.ComputeGasteigerCharges(m)
>>> float(m.GetAtomWithIdx(0).GetProp('_GasteigerCharge'))
-0.047...

記述子の可視化(Visualization of Descriptors)

[Link] https://www.rdkit.org/docs/GettingStartedInPython.html#visualization-of-descriptors

類似度マップは原子ごとの寄与に分割された記述子の可視化に使うことができます。

Gasteiger部分電荷は(異なるカラースキームを使って)次のように可視化できます:

>>> from rdkit.Chem.Draw import SimilarityMaps
>>> mol = Chem.MolFromSmiles('COc1cccc2cc(C(=O)NCCCCN3CCN(c4cccc5nccnc54)CC3)oc21')
>>> AllChem.ComputeGasteigerCharges(mol)
>>> contribs = [float(mol.GetAtomWithIdx(i).GetProp('_GasteigerCharge')) for i in range(mol.GetNumAtoms())]
>>> fig = SimilarityMaps.GetSimilarityMapFromWeights(mol, contribs, colorMap='jet', contourLines=10)

このような図が生成されます:

f:id:magattaca:20181215095451p:plain similarity_map_charges.png

logPへのCrippen寄与を可視化するには次のようにします:

>>> from rdkit.Chem import rdMolDescriptors
>>> contribs = rdMolDescriptors._CalcCrippenContribs(mol)
>>> fig = SimilarityMaps.GetSimilarityMapFromWeights(mol,[x for x,y in contribs], colorMap='jet', contourLines=10)

このような図が生成されます:

f:id:magattaca:20181215095514p:plain similarity_map_crippen.png

12/15/2018

このブログ記事のライセンス

以上はRDKit Documentationの試訳です。
ライセンスはCC BY-SA 4.0で、Greg Landrum氏の功績の元に作成しています。
Creative Commons — Attribution-ShareAlike 4.0 International — CC BY-SA 4.0